Từ nhiều thế kỷ trước khi người châu Âu tới, trên quần đảo Indonesia tồn tại nhiều quốc gia khác nhau và trong đó có các quốc gia thương mại ven biển và các quốc gia nông nghiệp nội địa.[7] Những người đầu tiên đến vùng thuộc Indonesia ngày nay là người Bồ Đào Nha vào cuối thế kỷ thứ 15 và sau đó là người Hà Lan nhằm mục tiêu đưa các gia vị đến châu Âu,[8] Chuyến thám hiểm đầu tiên của người Hà Lan đến Đông Ấn diễn ra vào năm 1595 nhằm vận chuyển gia vị trực tiếp từ châu Á. Khi đoàn này đạt được lợi nhuận 400% khi trở về, các cuộc thám hiểm khác đã diễn ra ngay sau đó. Nhận thức được tiềm năng thương mại của Đông Ấn, chính quyền Hà Lan đã hợp nhất các công ty cạnh tranh với nhau thành Công ty Đông Ấn Hà Lan (VOC).[8]

Công ty Đông Ấn Hà Lan được ban cho đặc quyền có thể tiến hành chiến tranh, xây dựng pháo đài, và lập các điều ước quốc tế trên khắp châu Á.[8] Công ty thiết lập thủ phủ tại Batavia (nay là Jakarta), và thành phố này đã trở thành trung tâm của mạng lưới kinh doanh tại châu Á của Công ty Đông Ấn Hà Lan.[9] Ban dầu, công ty này độc quyền về nhục đậu khấu, đinh hương, và vỏ quế, công ty và sau này là chính quyền thực dân đã đem đến các loài cây công nghiệp như cà phê, trà, ca cao, thuốc lá, cao su, mía và thuốc phiện, và bảo vệ lợi ích thương mại của họ bằng cách chiếm lãnh thổ xung quanh.[9] Buôn lậu, phí tổn cho các cuộc chiến đang diễn ra, tham nhũng và quản lý yếu kém đã khiến cho công ty phá sản vào cuối thế kỷ thứ 18. Công ty chính thức giải thể vào năm 1800 và các thuộc địa do nó sở hữu tại quần đảo Indonesia (phần lớn Java, nhiều phần Sumatra, phần lớn Maluku, và các vùng đất cảng như Makassar, Manado, và Kupang) bị Cộng hòa Hà Lan quốc hữu hóa và trở thành Đông Ấn thuộc Hà Lan.[10]